Polipeptīdu peptīdu ķēdes projektēšanas shēma un risinājums

I. Kopsavilkums
Peptīdi ir īpašas makromolekulas, kuru ķīmiskās un fizikālās īpašības ir neparastas.Dažus peptīdus ir grūti sintezēt, savukārt citus ir salīdzinoši viegli sintezēt, bet grūti attīrīt.Praktiskā problēma ir tā, ka lielākā daļa peptīdu nedaudz šķīst ūdens šķīdumos, tāpēc mūsu attīrīšanā atbilstošā hidrofobā peptīda daļa ir jāizšķīdina neūdens šķīdinātājos, tāpēc šie šķīdinātāji vai buferi, visticamāk, būs ļoti pretrunā lietošanai. bioloģiskās eksperimentālās procedūras, lai tehniķiem ir stingri aizliegts izmantot peptīdu saviem mērķiem, tāpēc tālāk ir minēti vairāki pētniekiem paredzēto peptīdu izstrādes aspekti.

Polipeptīdu peptīdu ķēdes projektēšanas shēma un risinājums
Otrkārt, pareiza sintētisko grūti peptīdu izvēle
1. Uz leju regulēto secību kopējais garums
Peptīdus, kuros ir mazāk par 15 atlikumiem, ir vieglāk iegūt, jo palielinās peptīda izmērs un samazinās kopprodukta tīrība.Tā kā kopējais peptīdu ķēdes garums pārsniedz 20 atlikumus, precīzs produkta daudzums ir galvenā problēma.Daudzos eksperimentos ir viegli iegūt negaidītus efektus, samazinot atlieku skaitu zem 20.
2. Samaziniet hidrofobo atlikumu skaitu
Peptīdi ar lielu hidrofobo atlikumu pārsvaru, īpaši reģionā 7-12 atlikumi no C-gala, parasti rada sintētiskas grūtības.To uzskata par neadekvātu kombināciju tieši tāpēc, ka sintēzē tiek iegūta B-locījuma loksne."Šādos gadījumos var būt lietderīgi pārveidot vairāk nekā divus pozitīvos un negatīvos atlikumus vai ievietot peptīdā Gly vai Pro, lai atbloķētu peptīdu sastāvu."
3. “Sarežģīto” atlikumu samazināšana
"Ir vairākas Cys, Met, Arg un Try atliekas, kuras parasti nav viegli sintezētas."Ser parasti tiks izmantots kā neoksidatīva alternatīva Cys.
Polipeptīdu peptīdu ķēdes projektēšanas shēma un risinājums

Treškārt, uzlabojiet pareizo ūdenī šķīstošo izvēli
1. Noregulējiet N vai C galu
Salīdzinot ar skābiem peptīdiem (tas ir, negatīvi lādētiem pie pH 7), acetilēšana (N-gala acetilēšana, C gals vienmēr saglabā brīvu karboksilgrupu) ir īpaši ieteicama, lai palielinātu negatīvo lādiņu.Tomēr bāzes peptīdiem (tas ir, pozitīvi lādētiem pie pH 7), aminēšana (brīvā aminogrupa N-galā un aminēšana C-galā) ir īpaši ieteicama, lai palielinātu pozitīvo lādiņu.

2. Ievērojami saīsiniet vai pagariniet secību

Dažas no sekvencēm satur lielu skaitu hidrofobu aminoskābju, piemēram, Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr un Ala utt. Kad šīs hidrofobās atliekas pārsniedz 50%, tās parasti nav viegli izšķīdināt.Var būt noderīgi pagarināt secību, lai vēl vairāk palielinātu peptīda pozitīvos un negatīvos polus.Otrā iespēja ir samazināt peptīdu ķēdes izmēru, lai palielinātu pozitīvos un negatīvos polus, samazinot hidrofobos atlikumus.Jo spēcīgāka ir peptīdu ķēdes pozitīvā un negatīvā puse, jo lielāka iespēja, ka tā reaģēs ar ūdeni.
3. Ielieciet ūdenī šķīstošā atlikumā
Dažām peptīdu ķēdēm dažu pozitīvo un negatīvo aminoskābju kombinācija var uzlabot šķīdību ūdenī.Mūsu uzņēmums iesaka skābo peptīdu N-galu vai C-galu kombinēt ar Glu-Glu.Tika dots pamata peptīda N vai C gals un pēc tam Lys-Lys.Ja uzlādēto grupu nevar novietot, Ser-Gly-Ser var novietot arī N vai C galā.Tomēr šī pieeja nedarbojas, ja peptīdu ķēdes malas nevar mainīt.